L'école primaire de l'Académie Anne de Guigné accueille les enfants à partir de 4 ans. Elle dispense un enseignement structuré et classique, axé sur les fondamentaux : lire, écrire, compter. La méthode de lecture est une méthode syllabique (Boscher) et l'enseignement des mathématiques s'appuie sur la méthode de Singapour. Une large place est réservée à la manipulation, la verbalisation et l'imagination. La musique, en plus de l'enseignement classique, rythme le quotidien des petits élèves.

Les élèves de l'Académie Anne de Guigné (primaire et collège) appartiennent au chœur d'enfants de l'Académie. Cette maîtrise chante tous les jours, petits et grands ensemble. Elle anime messes et concerts dans toute la région environ une fois par mois.